Prosedur dan mekanisme penetapan fatwa produk halal, secara singkat dapat dijelaskan sebagai berikut:
Pertama, MUI memberikan pembekalan pengetahuan kepada auditor lembaga pemeriksa tentang benda-benda haram menurut syari`at Islam, dalam hal ini benda haram li-dzatihi dan haram li-ghairihi (alMahi, 2006). Karena cara penanganannya tidak sejalan dengan syari`at Islam, maka auditor harus mempunyai pengetahuan memadahi tentang benda-benda haram tersebut. Disamping itu, para auditor pun diingatkan bahwa yang mereka kerjakan itu merupakan tugas amanat umat dan tanggungjawab agama yang kelak akan dipertanggungjawabkan kepada Allah.
Kedua, para auditor melakukan penelitian dan audit ke perusahaan yang meminta sertifikasi halal. Pemeriksaan yang dilakukan meliputi:
a. Pemeriksaan secara seksama terhadap ingredient baik itu produk, baik bahan baku, bahan tambahan maupun bahan penolong.
b. Pemeriksaan terhadap bukti-bukti pembelian bahan produk.
c. Cara pemotongan hewan untuk produk hewani atau mengandung unsur hewani.
Ketiga, bahan-bahan tersebut kemudian diperiksa secara teliti, dan tidak jarang menggunakan laboratorium, terutama bahan-bahan yang dicurigai sebagai benda haram atau mengandung benda haram (najis).
Keempat, pemeriksaan terhadap suatu perusahaan tidak jarang dilakukan lebih dari satu kali dan tidak jarang pula para auditor menyarankan bahkan mengharuskan agar mengganti suatu bahan yang dicurigai atau mengandung bahan yang haram (najis) dengan bahan yang diyakini kehalalannya atau sudah bersertifikat halal dari MUI atau dari lembaga lain yang dipandang berkompeten.
Kelima, hasil pemeriksaan dan audit lembaga pemeriksa tersebut dituangkan dalam sebuah laporan hasil auditing; yang kemudian dibawa ke komisi fatwa MUI untuk dibahas dalam rapat.
Keenam, dalam rapat komisi Fatwa, LPH menyampaikan dan menjelaskan isi laporan hasil auditing, dan kemudian dibahas secara teliti mendalam oleh peserta rapat Komisi.
Ketujuh, suatu produk yang masih mengandung bahan yang diragukan kehalalannya, atau terdapat bukti-bukti pembelian bahan produk yang dipandang tidak transparan oleh rapat komisi dikembalikan kepada lembaga pemeriksa untuk dilakukan penelitian atau auditing ulang ke perusahaan bersangkutan.
Kedelapan, produk yang telah diyakini kehalalannya oleh rapat komisi, diputuskan fatwa halalnya oleh rapat Komisi.
Kesembilan, hasil rapat komisi tersebut kemudian dituangkan dalam surat keputusan fatwa produk halal yang ditandatangani oleh pimpinan komisi fatwa. Selanjutnya dikirim ke BPJPH untuk diterbitkan sertifikat halal.
