Kewajiban sertifikasi halal sesuai dengan UU No. 33 tahun 2014 semestinya telah diberlakukan sejak 17 Oktober 2019, yaitu lima tahun sejak UU No. 33 tahun 2014 tersebut diundangkan. Namun dalam implementasinya kewajiban sertifikasi halal dilakukan secara bertahap sesuai dengan jenis produk yang diatur dalam regulasi.
Tahap pertama dimulai pada 17 Oktober 2019 sampai 2024 untuk produk makan dan minuman. Terdapat sanski bagi Pelaku Usaha yang tidak mengurus Sertifikat Halal, Pada PP 39 tahun 2021 Pasal 149 ayat (2), sanksi bagi pelaku:
a) usaha peringatan tertulis;
b) denda administratif;
c) pencabutan Sertifikat Halal; dan/atau
d) penarikan barang dari peredaran.
Sanksi bagi LPH:
a) peringatan tertulis;
b) denda administratif; dan/atau
c) pembekuan operasional.
Sanksi bagi Pelaku Usaha yang tidak menjaga kehalalan Produk yang telah memperoleh Sertifikat Halal dipidana dengan pidana penjara paling lama 5 (lima) tahun atau pidana denda paling banyak Rp2.000.000.000,00 (dua miliar rupiah).
Sanksi bagi setiap orang yang terlibat dalam penyelenggaraan proses JPH yang tidak menjaga kerahasiaan formula yang tercantum dalam informasi yang diserahkan Pelaku Usaha dipidana dengan pidana penjara paling lama 2 (dua) tahun atau pidana denda paling banyak Rp2.000.000.000,00 (dua miliar rupiah).