Ada dua skema pengajuan sertifikat halal:
- Jalur Self Declare
Jalur pertama, bagi usaha mikro dan kecil dapat melakukan sertifikat halal dengan melakukan pemenuhan atas kriteria JPH dan membuat surat pernyataan halal terlebih dahulu (Self Declare). Pelaku usaha wajib membuat/ mengisi manual SJPH dengan pernyataan pelaku usaha mikro dan kecil (Self Declare). Ketentuan atas pengisian, konten pada manual SJPH Self Declare ini mengacu pada ketetapan yang telah diatur dalam manual SJPH dengan pernyataan pelaku usaha mikro dan kecil (Self Declare). Perlu dicatat, bahwa jalur atau skema Self Declare hanya diperuntukan bagi pelaku usaha mikro dan kecil dan sementara pelaku usaha menengah dan besar wajib melakukan pengajuan sertifikat halal melalui jalur reguler
2. Jalur Reguler
Jalur yang ke dua, untuk usaha menengah dan besar perlu melakukan sertifikasi secara langsung (regular) Ketika produk yang dijual, dibuat atau dihasilkan merupakan produk yang wajib bersertifikat halal. Pelaku usaha mikro dan kecil juga dapat menggunakan jalur regular apabila memiliki sumber daya yang cukup. Baik pelaku usaha mikro, kecil, menengah maupun besar dapat melakukan pengajuan permohonan sertifikat halal jalur regular sesuai ketentuan yang berlaku. Pelaku usaha wajib membuat/ mengisi manual SJPH regular dan memastikan pemenuhannya
Khususnya untuk waralaba/ franchise penyediaan makanan dan minuman dengan pengolahan, terdapat beberapa hal yang perlu diperhatikan, antara lain:
- Perjanjian waralaba antara pemberi waralaba dan penerima waralaba atau pemberi waralaba lanjutan dengan penerima waralaba lanjutan perlu memuat pelaksanaan SJPH, khususnya komitmen dan tanggungjawab untuk memenuhi kriteria SJPH yang diperlukan
- Perumusan perjanjjian mengenai pelaksanaan SJPH yang tidak dapat dipenuhi oleh penerima waralaba atau penerima waralaba lanjutan tidak berhak atas sertifikat halal yang telah diperoleh oleh pemberi waralaba atau pemberi waralaba lanjutan, sehingga tidak berhak mencamtumkan label halal. Ketidak berhak atas Sertifikat Halal untuk penerima waralaba atau penerima waralaba berkelanjutan yang dapat menjamin seluruh kriteria SJPH terpenuhi di setiap unit usaha waralaba baik yang lama maupun yang baru;
- Waralaba penyediaan makanan dan minuman dengan pengolahan yang belum mengusulkan pengajuan sertifikat halal wajib melakukan pengajuan sertifikat halal. Pengajuan sertifikat halal perlu dielaborasikan dengan penerima waralaba atau pemberi waralaba lanjutan
- Jangka waktu perjanjian waralaba dan masa berlaku sertifikat halal merupakan satu kesatuan. Ketika perjanjian waralaba telah berakhir, maka berakhir pula hal penerima waralaba dalam memanfaatkan sertifikat halal
