Sertifikasi di Malaysia dilakukan oleh lembaga sertifikasi pemerintah yang berada langsung dibawah pemerintah. Sertifikasi berada dibawah negara karena negara tersebut memang menyatakan diri sebagai negara Islam sehingga sangat memperhatikan aturan dan jaminan halal bagi semua warga negara (Karimah, 2015). Sejak tahun 1965, Malaysia telah melaksanakan sertifikasi halal yang dilakukan oleh Departemen Agama Islam Selangor (JAIS). Sedangkan pada tahun 1974, sertifikasi halal telah berada dibawah pengawasan pemerintah yaitu Jabatan Kemajuan Islam Malaysia atau yang biasa disingkat JAKIM. Divisi Manajemen Halal JAKIM bersama dengan Departemen Agama Islam negara secara khusus bertugas untuk mengurus segala sesuatu yang berkaitan dengan sertifikasi halal di Malaysia (Rosnan et al. 2015).
Penyelenggaraan sertifikasi dan labelisasi halal di Malaysia dilaksanakan oleh (Jabatan Kemajuan Islam Malaysia) JAKIM. Kedudukan JAKIM berada di bawah Perdana Menteri langsung (full under government), yaitu di bawah Prime Ministry Department yang langsung berkedudukan di bawah Yang Dipertuan Agong atau Sultan. Sertifikasi halal di Malaysia dimulai sejak tahun 1974.
Di Malaysia, tidak ada kewajiban bagi pelaku usaha untuk memeriksakan produknya untuk disertifikasi. Tetapi, apabila pelaku usaha yang belum mendapat sertifikasi halal namun akan menggunakan logo halal, maka dia harus membuktikan bahwa produknya halal. Apabila ternyata produknya tidak halal, maka pelaku usaha harus membayar uang penalty dan kasus tersebut dapat diajukan ke Mahkamah Trade.
Trade Description (Certification and Marking of Halal) Order 2011 memberikan dan menetapkan bahwa Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM) menjadi satu-satunya lembaga yang berwenang untuk menetapkan makanan atau barang halal (Warta Kerajaan Persekutuan Malaysia, 2011). JAKIM dibantu oleh Jabatan Agama Islam Negeri (JAIN) yang merupakan bagian dari JAKIM yang juga bertanggung jawab terhadap penerbitan sertifikat halal. Akan tetapi, JAIN lebih fokus terhadap penerbitan sertifikat halal domestik (Husna et al., 2022).
Tata cara memperoleh sertifikat halal di Malaysia yaitu pemohon wajib melakukan pendaftaran dan membuat akun pada website www.halal.gov.my. Selanjutnya, pemohon melampirkan beberapa dokumen pendukung dan pihak yang berwajib akan melakukan verifikasi. Apabila dokumen yang dilampirkan tidak lengkap, maka permohonan akan dikembalikan kepada pemohon untuk segera diperbaiki. Sebaliknya, jika dokumen sudah lengkap maka pemohon segera diinfokan terkait jumlah biaya yang harus dibayar.
Penjadwalan audit perdana akan segera disampaikan apabila pembayaran telah lunas dibayar. Informasi jadwal audit selanjutnya tidak disampaikan kepada pelaku usaha guna memastikan apakah pelaku usaha tetap berkomitmen pada sistem halal. Laporan pemantauan kemudian diserahkan kepada JAKIM guna dilakukannya pertimbangan apakah produk tersebut layak untuk mendapatkan sertifikat halal atau tidak. Jika layak, maka sertifikat halal akan diterbitkan oleh JAKIM.
Masa berlaku sertifikat halal di Malaysia beraneka ragam dan sesuai dengan klasifikasinya. Jika usaha dalam bentuk rumah sembelih, maka masa berlaku sertifikat halal selama 1 tahun. Produk makanan dan minuman selama 2 tahun, produk kosmetik selama 3 tahun, bagi perusahaan asing selama 2 tahun, dan jika memenuhi syarat dan ketentuan yang berlaku maka berlaku selama 5 tahun.
Pembaharuan sertifikat halal wajib dilakukan pemegang sertifikat halal minimal 6 bulan dan maksimal 3 bulan sebelum masa berlaku sertifikat halal akan berakhir. Pemegang sertifikat halal mengajukan permohonan perpanjangan sertifikat halal pada web www.halal.gov.my. Jika perpanjangan melewati tempo yang telah ditentukan, maka sertifikat halal tersebut dikategorikan sebagai permohonan baru (JAKIM, 2020).
