BPJPH menetapkan logo atau label yang diberlakukan di seluruh indonesia. Selain itu juga berwenang dalam penerbitan maupun pencabutan logo halal. Pada awalnya lembaga yang terlibat dalam sertifikasi halal terdiri dari (1) MUI melalui Komisi Fatwa sebagai pemberi fatwa dan sertifikat halal, (2) LPPOM MUI sebagai pemeriksa kehalalan produk mulai dari bahan baku sampai proses produksi, (3) BPOM sebagai pemberi izin dalam pemasangan label halal, (4) Kementerian Agama sebagai pembuat melakukan kebijakan sosialisasi dan kepada masyarakat, dan (5) Kementerian terkait lainnya. Sedangkan setelah adanya Undang-Undang Jaminan Produk Halal, maka terdapat beberapa perubahan terkait lembaga yang terlibat dalam sertifikasi, yaitu
- Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal (BPJPH) sebagai lembaga utama yang berwenang dalam proses sertifikasi halal
- Lembaga Pemeriksa Halal sebagai lembaga yang melakukan audit atau pemeriksaan produk halal. Sedangkan LPPOM MUI akan menjadi salah satu bagian dari LPH bersama LPH lain baik yang didirikan oleh Pemerintah maupun masyarakat
- MUI tetap sebagai pemberi fatwa, namun tidak berwenang penuh dalam proses sertifikasi halal
- MUI dan BPJPH bersama-sama melakukan sertifikasi terhadap auditor halal dan akreditasi LPH.
Sebelum Undang-undang No 33 tahun 2014 tentang Jaminan Produk Halal, peran utama dalam sertifikasi dilakukan oleh MUI, melalui LPPOM. Sertifikasi dilakukan secara voluntary (sukarela) atas permintaan pelaku usaha yang ingin memiliki sertifikat halal. MUI juga melakukan pengawasan terhadap produk yang beredar. Namun ketika terjadi penyalahgunaan label halal MUI tidak bisa memberikan sanksi bagi pelaku usaha. MUI hanya bisa memberikan teguran dan peringatan. Seperti adanya kasus pemasangan label halal pada produk yang belum tersertifikasi atau pelaku usaha yang mengganti komposisi bahan dari yang diajukan dalam proses sertifikasi (Karimah 2015,7).
Didirikannya BPJPH, diharapkan ada perlindungan dan kepastian hukum yang menjamin kehalalan produk yang beredar di Indonesia. Sertifikasi tidak lagi bersifat voluntary namun sudah menjadi mandatory dalam rangka mendukung upaya peningkatan produksi dan konsumsi produk halal (Karimah 2015, 7). Kewajiban sertifikasi halal sesuai dengan UU JPH mulai dilaksanakan tanggal 17 Oktober 2019. Pelaksanaan sertifikasi akan dilaksanakan secara bertahap.
