Adapun tantangan yang datang yaitu dari segi eksternal dan dari segi internal. Dari segi eksternal adalah:
Pertama, banyaknya negara pesaing baik negara Muslim ataupun nonmuslim. Sehingga banyak produk asing masuk ke Indonesia. Hal ini yang menyebabkan konsumsi produk Indonesia berkurang. Dampak lainnya yaitu neraca perdagangan akan mengalami defisit karena lebih banyak impor yang masuk daripada ekspor.
Kedua, belum adanya sertifikat halal yang berlaku secara global. Hal ini disebabkan oleh belum adanya konsensus yang dilakukan oleh negara-negara di dunia mengenai standarisasi sertifikat halal internasional. Oleh sebab itu, perlu diadakan pertemuan antar negara-negara di dunia untuk membahas standarisasi sertifikat halal ini.
Sedangkan tantangan dari segi internal yaitu:
Pertama, kurangnya halal awareness pada masyarakat Indonesia. Halal awareness memiliki keterkaitan dengan religiusitas dan pengetahuan mengenai konsep halal. Halal awareness dipengaruhi oleh tingkat keyakinan agama, alasan kesehatan, dan label/logo halal. Sosialisasi menjadi salah satu kunci untuk meningkatkan halal awareness. Pemerintah dapat melakukan sosialisasi secara langsung ataupun tidak langsung. Sosialisasi secara langsung dapat dilakukan dengan membuat kajian keagamaan dengan tema halal dan mengadakan pameran industri halal. Sementara itu, sosialisasi secara tidak langsung dapat dapat dilakukan dengan menggunakan media, seperti media cetak, media elektronik, dan media siber.
Kedua, adanya problematika dari Undang-Undang Nomor 33 Tahun 2014 Tentang Jaminan Produk Halal. Menurut UU JPH, Peraturan Pemerintah mengenai pelaksanaan UU JPH dikeluarkan paling lambat dua tahun setelah penetapan UU JPH, yakni tahun 2016. Akan tetapi, pemerintah baru mengeluarkan PP 31 pada tahun 2019 yang artinya pemerintah terlambat tiga tahun dalam mengeluarkan PP.
Ketiga, rendahnya kedasaran masyarakat Indonesia untuk berkompetisi. Maka tidak mengherankan jika saat ini Indonesia lebih cenderung menjadi konsumen industry halal. Hal ini diakibatkan oleh banyaknya produk halal yang masuk dari luar negeri membuat produk lokal Indonesia harus tetap eksis. Oleh karena itu, sudah seharusnya Indonesia bangkit dan dapat mengoptimalkan berbagai peluang yang ada untuk menjadi negara yang produktif di bidang industri halal.
Beberapa kendala dalam mengembangkan produk halal secara global menurut Mirsa Astuti 2020 antara lain:
a. Kesulitan Mengontrol dan Menjamin Produk Halal
Karena halal berupa proses yang terkait dengan keyakinan agama dan karena itu sulit dikontrol dan dijamin. Dari sudut pandang konsumen juga masih terdapat kendala untuk mengevaluasi dan memverifikasi apakah suatu produk halal atau tidak bahkan setelah mengkonsumsi produk tersebut. Oleh karena itu, sebagian besar konsumen harus bergantung pada penjual dan/atau mempercayai informasi yang tertera pada label produk sehingga menjadi panduan pada saat pembelian. Dalam kasus halal, dituntut kepercayaan pada label produk terhadap semua proses halal termasuk penanganan dan keselamatan.
b. Kurangnya Sertifikasi Menjadi Tantangan Pertumbuhan Produk Halal
Pasar halal memiliki tingkat pertumbuhan yang tinggi. Namun, sebagian besar negara-negaraMuslim tidak menerapkan sertifikasi halal sebagai persyaratan wajib. Kurangnya sertifikasi halal oleh badan yang diakui dan dihormati bisa menimbulkan tantangan untuk pengembangan di masa depan. Karena sampai saat ini, sebagian besar negara-negara mayoritas Muslim belum mempersyaratkan sertifikasi halal, karena mereka sering tidak mampu menyediakan produk bersertifikat halal untuk pasar internasional.
c. Perusahaan Halal Kesulitan Mencari Dukungan Pembiayaan dan Investasi
Tantangan utama yang menghambat perkembangan pasar halal adalah kurangnya dukungan di jasa keuangan dan investasi. Meskipun pasar halal cukup besar, banyak perusahaan dalam rantai pasokan halal, terutama di segmen makanan, merupakan perusahaan kecil dan terpisah-pisah, berjuang untuk mencapai skala ekonomi dan beroperasi secara efisien
d. Larangan Terhadap Produk Halal
Pertumbuhan pasar halal, terutama di negara-negara Barat ditantang oleh reaksi negative terhadap produk halal, karena iklim politik negatif yang terkait dengan umat Islam. Reaksi ini sekarang memperluas ke tingkat regulasi halal pemerintah, karena beberapa negara membatasi daging halal.
e. Keterbatasan Sumberdaya dan Substitusi Bahan Baku
Dalam memperoleh sumber bahan baku halal menghadapi permasalahan bagi pelaku usaha di pasar halal. Biaya, kualitas, konsistensi dan ketersediaan bahan baku, serta kemungkinan terbatas substitusi adalah masalah besar di sini. Misalnya, bahan yang paling umum dari produk makanan, gelatin halal, telah dikembangkan. Hal ini sudah mendapatkan perhatian besar tetapi penerapan dalam skala lebih luas dan masih perlu diperhatikan.
f. Rendahnya Kesadaran akan Produk Halal di Luar Segmen Non-Makanan
Saat ini, kesadaran akan produk halal berkembang di kalangan konsumen Muslim, masih dalam masa pertumbuhan, terutama terhadap segmen produk makanan. Selain itu, terdapat perbedaan dalam kesadaran dalam memanfaatkan barang dan jasa halal dalam basis pelanggan Muslim secara global. Misalnya, di negara-negara mayoritas Muslim, kebanyakan konsumen akan menganggap semuanya kredibel halal sementara di pasar yang mayoritas masyarakatnya non-Muslim, konsumen akan mencari verifikasi halal.
